Operasi Lalang ini menimbulkan kontroversi kerana mereka yang 'bersalah' terlepas. Sebaliknya pemimpin pembangkang dan kerajaan yang berada di tepi 'arus' telah ditangkap dan dipenjarakan di Kem Tahan Kamunting, Taiping, selama 2 tahun atau lebih.

Tahanan politik ini ditahan dibawah Akta Keselamatan Dalam Negeri yang membenarkan penahanan tanpa bicara, sama ada orang itu bersalah atau tidak. Malaysia telah mendapat kritikan di peringkat antarabangsa pada ketika itu.

Ironinya, Amerika Syarikat juga telah mencipta Akta Patriot yang menyerupai ISA dan menahan tahanan di Kem tahanan Teluk Guantanamo, Cuba.

April 1987 adalah persaingan sengit antara kem Dr Mahathir Mohamad - Tengku Razaleigh Hamzah di mana Mahathir muncul sebagai pemenang. Pembangkang Karpal Singh mendakwa bahawa Operasi Lalang dikatakan sebagai helah mengalihkan isu sebenar.[2]